La técnica TGGE (Temperature Gradient Gel Electrophoresis), o electroforesis en gel en gradiente de temperatura, es un método de análisis molecular que permite detectar fragmentos de ADN que difieren incluso en un par de bases.
A diferencia de otros métodos de electroforesis en gel, en los que los fragmentos de ADN son separados por su tamaño o por su carga, en esta técnica, fragmentos del mismo tamaño son separadas por su momento de desnaturalización (conversión del ADN de doble cadena en hebras simples). Cuando el ADN se somete a un ambiente desnaturalizante (por ejemplo elevadas temperaturas), se desnaturaliza parcialmente, hasta disociarse en sus dos hebras cuando aumenta suficientemente la temperatura. Como consecuencia, la velocidad de migración en el gel se ralentiza. La posición en el gel donde los fragmentos de dsDNA se desnaturalizan y se convierten en ssDNA (y casi se detienen), depende de su secuencia de nucleótidos. Diferentes secuencias de nucleótidos, en fragmentos de ADN del mismo tamaño, darán lugar a diferentes posiciones en el gel. Por eso este método es muy eficaz separando fragmentos de ADN del mismo tamaño, o productos de PCR basados en secuencia.

Comparando el comportamiento de moléculas de DNA polimórficas, unos al lado de otros en el mismo gel con gradiente de temperatura, es posible detectar aquellos fragmentos que tienen mutaciones.
Existe una variación de este método, el DGGE, que utiliza como gradiente desnaturalizante un agente químico, en vez de la temperatura; las condiciones son más difíciles de reproducir en distintas pruebas que con la utilización del gradiente de temperatura.

El gradiente de temperatura en el gel se puede aplicar en paralelo (análisis rápidos de varias muestras) o en perpendicular.

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